Druga wojna światowa (1939-1945) pozostawia głębokie blizny również w Dolinie Dolnej Odry poprzez terror, cierpienie i zniszczenie. Po zakończeniu wojny w 1945 r. Odra wyznacza tutaj granicę między Niemcami a Polską. Staje się symbolem trudnych relacji między dwoma krajami. Znajduje to odzwierciedlenie w wielkiej światowej polityce, ale także w życiu nad rzeką: po wschodniej i zachodniej stronie Odry wiele osób przybywa na te tereny w poszukiwaniu nowego domu. Polacy i Niemcy muszą odnaleźć się w nowych uwarunkowaniach i zadomowić się w swojej nowej „małej ojczyźnie”. Ale nawet w okresie powojennym Odra nie jest po prostu „naturalną” granicą, która tylko oddziela ludzi od siebie: rzeka stopniowo staje się łącznikiem, mostem między nimi.
Druga wojna światowa pozostawia po sobie grozę i ruiny. Zwłaszcza miasta i wsie przypominają pustynie z gruzów: aż 80 procent budynków jest zniszczonych, a wiele mostów na Odrze wysadzono w powietrze. Po 1945 r. po obu stronach rzeki wiele osób przybywa w poszukiwaniu nowego domu. Po stronie polskiej licznie przyjeżdżają ludzie ze wschodu Polski, będącego już w tym czasie częścią Związku Radzieckiego. Ponadto trafia tu wielu byłych robotników przymusowych. Niemcy znajdują nowy dom po zachodniej stronie Odry.
W 1945 r. zwycięskie mocarstwa alianckie uzgadniają wytyczenie na Odrze granicy między Polską a Niemcami. Granica przesuwa się w ten sposób na zachód. Jednocześnie tereny we wschodniej części Polski wchodzą w granice Związku Radzieckiego. Tak zwana „granica pokoju” zostaje oficjalnie uznana przez NRD w 1950 r., ale to jeszcze długa droga, zanim socjalistyczne „bratnie państwa” faktycznie zaczną się ze sobą integrować. Bezwizowy ruch graniczny zostaje wprowadzony dopiero w 1972 r. – i tylko do 1980 r. Ale Odra nadal łączy ludzi, m.in. we wspólnych akcjach usuwania lodu.
Życie ludzi w latach powojennych jest ciężkie. Na wschód od Odry opuszczone domy i zagrody ludności niemieckiej zagospodarowywane są przez polskich mieszkańców. Przymusowa kolektywizacja i złe zarządzanie wkrótce prowadzą do odpływu ludności ze wsi. Również w Niemczech ludzie ciągną do miast. Miasto Schwedt staje się środkiem przemysłowym. System polderowy zostaje utrzymany w NRD, po stronie polskiej zostaje zaniechany ze względu na poważne zniszczenia wojenne. Ze względu na przesunięcie granicy na zachód w regionie brak jest spójnej tożsamości. Odra rozdziela życie i codzienność między Wschodem a Zachodem.